<div dir="ltr">Thank You very much. I will have a look and continue with it.</div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">PRASUN (ASHOKA)<br>Desire + stability = Resolution<br>Resolution + Hard work = Success</div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, May 9, 2018 at 4:10 PM, Laue, Thomas <span dir="ltr"><<a href="mailto:Tom.Laue@unh.edu" target="_blank">Tom.Laue@unh.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="m_7606913347903783245WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">The reference is in help file for Sednterp.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">I believe the calculations you are doing do not incorporate the effects of the H-bonding, or there is some other problem in how the calculations are being done. Traube’s
 method for uncharged materials is accurate to within ~1%. <u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif">Tom<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Times New Roman",serif"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span class=""><b>From:</b> RASMB [mailto:<a href="mailto:rasmb-bounces@list.rasmb.org" target="_blank">rasmb-bounces@list.<wbr>rasmb.org</a>] <b>
On Behalf Of </b>prasun kumar<br>
</span><b>Sent:</b> Wednesday, May 9, 2018 11:08 AM<br>
<b>To:</b> Rocco Mattia <<a href="mailto:mattia.rocco@hsanmartino.it" target="_blank">mattia.rocco@hsanmartino.it</a>><br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:rasmb@list.rasmb.org" target="_blank">rasmb@list.rasmb.org</a><br>
<b>Subject:</b> Re: [RASMB] Vbar for a peptide<u></u><u></u></p><span class="">
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal"><strong><span style="font-family:"Calibri",sans-serif;color:red">Caution - External Email</span></strong>
<u></u><u></u></p>
<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center">
<hr size="3" width="100%" align="center">
</div>
</span><div>
<p class="MsoNormal">That is great Rocco Mattia. Thank You very much. Can I have the reference for the formula.<u></u><u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Regards<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Prasun <u></u><u></u></p>
</div>
</div><div><div class="h5">
<div>
<p class="MsoNormal"><br clear="all">
<u></u><u></u></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">PRASUN (ASHOKA)<br>
Desire + stability = Resolution<br>
Resolution + Hard work = Success<u></u><u></u></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Wed, May 9, 2018 at 4:04 PM, Rocco Mattia <<a href="mailto:mattia.rocco@hsanmartino.it" target="_blank">mattia.rocco@hsanmartino.it</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in">
<div>
<div id="m_7606913347903783245m_4904003016369998481divtagdefaultwrapper">
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Sorry, I made a mistake in copying the equation for the T-dependence of vbar... the correct one is:<u></u><u></u></span></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><em><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif;color:black">vbar(T °C)</span></em><span style="font-size:12.0pt;color:black"> =
<i>vbar(25 °C)</i> + [4.25 x 10^-4 (<i>T</i> - <i>T(25 °C)</i>)]<u></u><u></u></span></p>
</div>
<p><span style="font-size:12.0pt;color:black"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<div class="MsoNormal" align="center" style="text-align:center"><span style="font-size:12.0pt;color:black">
<hr size="3" width="98%" align="center">
</span></div>
<div id="m_7606913347903783245m_4904003016369998481divRplyFwdMsg">
<p class="MsoNormal"><b><span style="color:black">Da:</span></b><span style="color:black"> RASMB <<a href="mailto:rasmb-bounces@list.rasmb.org" target="_blank">rasmb-bounces@list.rasmb.org</a>> per conto di prasun kumar <<a href="mailto:prasun30@gmail.com" target="_blank">prasun30@gmail.com</a>><br>
<b>Inviato:</b> mercoledì 9 maggio 2018 16:25<br>
<b>A:</b> <a href="mailto:rasmb@list.rasmb.org" target="_blank">rasmb@list.rasmb.org</a><br>
<b>Oggetto:</b> [RASMB] Vbar for a peptide</span><span style="font-size:12.0pt;color:black">
<u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"> <u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Hi Group: <u></u><u></u></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">I have gone through most of the discussions on Vbar and related stuff here. However, I thought to put my procedure for discussion...<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">I have a peptide that consist of 2 AiB residues alongwith other natural residues.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Since, the Vbar for AiB is not available, I was considering AiB as Ala and calculating the Vbar of the peptide. However, if Vbar goes down, it overestimates the Mol. Weight of the assembly. I was
 bit worried about this fact. Then I came across the paper by Durchschlag and Zipper in Jl of Appl. Cryst. (1997). In this paper authors have tried to calculate the partial specific volumes of small molecules and polymers based on volume increment method. <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">After going through the above article, I decided to randomize my sequence such that the constituent residues and their numbers remain same. I calculated the Vbar of both sequences and found no
 difference in Vbar at 20 C. <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">I also realized that 2 AiB residues can be replaced by one Ala and one Val. for example:<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">......AiB AiB........ can be ......AV.....<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">after replacing AiB AiB by AV, I calculated the Vbar of my peptide. <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Here, it is important to note that I am not changing the charged or aromatic residues.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Any suggestion on the appropriateness of my procedure is welcome. <u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Regards<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">Prasun<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black"><br clear="all">
<u></u><u></u></span></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:12.0pt;color:black">PRASUN (ASHOKA)<br>
Desire + stability = Resolution<br>
Resolution + Hard work = Success<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Cambria",serif;color:#00c0ff">CON TE LA NOSTRA RICERCA PUO' DIVENTARE CURA</span></b><br>
<b><span style="font-size:12.0pt;font-family:"Cambria",serif;color:#00b0f0">DEVOLVI IL TUO 5 X 1000 AL SAN MARTINO!</span></b><br>
<span style="font-size:10.0pt;font-family:"Cambria",serif;color:#00c0ff">FINANZIAMENTO DELLA RICERCA SANITARIA</span><br>
<b><span style="font-size:9.0pt;font-family:"Cambria",serif;color:#00b0f0">CODICE FISCALE
</span></b><b><span style="font-size:14.0pt;font-family:"Cambria",serif;color:#00b0f0">02060250996</span></b><br>
<br>
<a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=http-3A__www.ospedalesanmartino.it_sostienici.html&d=DwMFaQ&c=c6MrceVCY5m5A_KAUkrdoA&r=hAcbVT23dt1uq6AGxObZKg&m=O_JbrRZyh2OTTnQTs_Z1jwprZbpy1nUw9co6dNOmYYk&s=d46UAE8qD5whvcbecYp5cIzcC91YqgmXiFzXkyGMwIY&e=" target="_blank">5xmille.ospedalesanmartino.it
</a><u></u><u></u></p>
</div>
</blockquote>
</div>
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
</div>
</div></div></div>
</div>

</blockquote></div><br></div>