<div dir="ltr">That is great Rocco Mattia. Thank You very much. Can I have the reference for the formula.<div><br></div><div>Regards</div><div>Prasun </div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">PRASUN (ASHOKA)<br>Desire + stability = Resolution<br>Resolution + Hard work = Success</div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, May 9, 2018 at 4:04 PM, Rocco Mattia <span dir="ltr"><<a href="mailto:mattia.rocco@hsanmartino.it" target="_blank">mattia.rocco@hsanmartino.it</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div id="m_4904003016369998481divtagdefaultwrapper" style="font-size:12pt;color:#000000;font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif" dir="ltr">
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px">Sorry, I made a mistake in copying the equation for the T-dependence of vbar... the correct one is:</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><br>
</p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"></p>
<div><em>vbar(T °C)</em> = <i>vbar(25 °C)</i> + [4.25 x 10^-4 (<i>T</i> -
<i>T(25 °C)</i>)]</div>
<p></p>
<p><br>
</p>
<br>
<br>
<div style="color:rgb(0,0,0)">
<hr style="width:98%;display:inline-block">
<div id="m_4904003016369998481divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font color="#000000" face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt"><span class=""><b>Da:</b> RASMB <<a href="mailto:rasmb-bounces@list.rasmb.org" target="_blank">rasmb-bounces@list.rasmb.org</a>> per conto di prasun kumar <<a href="mailto:prasun30@gmail.com" target="_blank">prasun30@gmail.com</a>><br>
</span><b>Inviato:</b> mercoledì 9 maggio 2018 16:25<br>
<b>A:</b> <a href="mailto:rasmb@list.rasmb.org" target="_blank">rasmb@list.rasmb.org</a><br>
<b>Oggetto:</b> [RASMB] Vbar for a peptide</font>
<div> </div>
</div><div><div class="h5">

<div>
<div dir="ltr">Hi Group:
<div><br>
</div>
<div>I have gone through most of the discussions on Vbar and related stuff here. However, I thought to put my procedure for discussion...</div>
<div><br>
</div>
<div>I have a peptide that consist of 2 AiB residues alongwith other natural residues.</div>
<div>Since, the Vbar for AiB is not available, I was considering AiB as Ala and calculating the Vbar of the peptide. However, if Vbar goes down, it overestimates the Mol. Weight of the assembly. I was bit worried about this fact. Then I came across the paper
 by Durchschlag and Zipper in Jl of Appl. Cryst. (1997). In this paper authors have tried to calculate the partial specific volumes of small molecules and polymers based on volume increment method. </div>
<div><br>
</div>
<div>After going through the above article, I decided to randomize my sequence such that the constituent residues and their numbers remain same. I calculated the Vbar of both sequences and found no difference in Vbar at 20 C. </div>
<div><br>
</div>
<div>I also realized that 2 AiB residues can be replaced by one Ala and one Val. for example:</div>
<div>......AiB AiB........ can be ......AV.....</div>
<div><br>
</div>
<div>after replacing AiB AiB by AV, I calculated the Vbar of my peptide. </div>
<div><br>
</div>
<div>Here, it is important to note that I am not changing the charged or aromatic residues.</div>
<div>Any suggestion on the appropriateness of my procedure is welcome. </div>
<div><br>
</div>
<div>Regards</div>
<div>Prasun</div>
<div><br>
</div>
<div><br clear="all">
<div>
<div class="m_4904003016369998481x_gmail_signature">PRASUN (ASHOKA)<br>
Desire + stability = Resolution<br>
Resolution + Hard work = Success</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div></div></div>
</div><span class="">
<span style="font-weight:bold;font-size:12pt;font-family:'Cambria','times new roman','garamond',serif;color:#00c0ff">CON TE LA NOSTRA RICERCA PUO' DIVENTARE CURA</span><br>
<span style="font-weight:bold;font-size:12pt;font-family:'Cambria','times roman',serif;color:#00b0f0">DEVOLVI IL TUO 5 X 1000 AL SAN MARTINO!</span><br>
<span style="font-size:10pt;font-family:'Cambria','times roman',serif;color:#00c0ff">FINANZIAMENTO DELLA RICERCA SANITARIA</span><br>
<span style="font-weight:bold;font-size:9pt;font-family:'Cambria','times roman',serif;color:#00b0f0">CODICE FISCALE
</span><span style="font-weight:bold;font-size:14pt;font-family:'Cambria','times roman',serif;color:#00b0f0">02060250996</span><br>
<br>
<a href="http://www.ospedalesanmartino.it/sostienici.html" target="_blank">5xmille.ospedalesanmartino.it
</a>
</span></div>

</blockquote></div><br></div>