<div dir="ltr">Hi Mattia and the group:<div><br></div><div>Thank You for the response. I installed US-SOMO and just to check whether it is working for peptides with non-natural amino acids, I used one PDB ID (1GOE). It contains DPN and AIB. </div><div><br></div><div>Program says it has got unrecognised residues and asked me to take the average value or stop processing......</div><div>I chose the first option and got the V-bar value. </div><div><br></div><div>Now the question is whether considering the average values for the non-natural amino acids is a good idea or not.... If no then do you think I should also go back and refer to the "bible". </div><div><br></div><div>I am doing my experiments in PBS+Water solvent (pH 7.4)</div><div><br></div><div>Regards</div><div>Prasun </div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature">PRASUN (ASHOKA)<br>Desire + stability = Resolution<br>Resolution + Hard work = Success</div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Sep 28, 2017 at 10:49 AM, Rocco Mattia <span dir="ltr"><<a href="mailto:mattia.rocco@hsanmartino.it" target="_blank">mattia.rocco@hsanmartino.it</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hello Prasun,<br>
<br>
if you have a PDB file for your peptide, you can try uploading it in US-SOMO and see if the non-standard AA are recognized and a vbar calculated.<br>
<br>
Otherwise, the computations are a bit complicated... we usually do them, when facing non-standard residues, using an Excel worksheet based on the "bible" for vbar calculations:  Durchschlag and Zipper, Prog. Colloid Polym. Sci. 94:20-39, 1994<br>
<br>
Hope this helps!<br>
<br>
Mattia<br>
<br>
______________________________<wbr>__<br>
<br>
From: RASMB on behalf of prasun kumar<br>
Sent: Thu 9/28/2017 11:34 AM<br>
To: <a href="mailto:rasmb@list.rasmb.org">rasmb@list.rasmb.org</a><br>
Subject: [RASMB] Regarding V-bar calculation of peptide containing non-natural amino acid<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
<br>
Hi All:<br>
<br>
I have a peptide that contain non-natural amino acids. My query: how to calculate the V-bar of this peptide?<br>
Any suggestions will be really helpful to me.<br>
<br>
Regards<br>
Prasun<br>
<br>
PRASUN (ASHOKA)<br>
Desire + stability = Resolution<br>
Resolution + Hard work = Success<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>