<div dir="ltr"><div><div><div>Dear Titus,<br><br></div>Please find attached the radial intensity scan of the counter balance.<br><br></div>Best regards<br></div>Igor<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Sun, Feb 22, 2015 at 9:09 PM, Titus M. Franzmann <span dir="ltr"><<a href="mailto:titus.franzmann@outlook.com" target="_blank">titus.franzmann@outlook.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">



<div>
<div>
<div style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:11pt">Can you send a radial scan of the counter balance.<br>
<br>
Sent from my Windows Phone</div>
</div>
<div dir="ltr">
<hr>
<span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:11pt;font-weight:bold">Von:
</span><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:11pt"><a href="mailto:i.perevyazko@gmail.com" target="_blank">Igor Perevyazko</a></span><br>
<span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:11pt;font-weight:bold">Gesendet:
</span><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:11pt">‎22.‎02.‎2015 18:06</span><br>
<span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:11pt;font-weight:bold">An:
</span><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:11pt"><a href="mailto:jphilo@mailway.com" target="_blank">jphilo@mailway.com</a>;
<a href="mailto:rasmb@rasmb.org" target="_blank">rasmb@rasmb.org</a></span><br>
<span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:11pt;font-weight:bold">Betreff:
</span><span style="font-family:Calibri,sans-serif;font-size:11pt">Re: [RASMB] XLI absorbance problem</span><br>
<br>
</div><div><div class="h5">
<div>
<div dir="ltr">
<div>
<div>Dear John,<br>
<br>
Thank you very much for your reply.<br>
<br>
You wrote:<br>
> <span style="white-space:pre-wrap">Is there any possibility the instrument is somehow reporting data for the wrong cell? You have told the GUI that you are using a 4-hole rotor, not an 8-hole, correct? What was in the other cell positions when you recorded
 these benzene data?</span><br>
<br>
Yes,I was using 4-hole rotor and GUI was checked for it as well.  The last two experiments (* Radial intensity scan of KNO3 (0.7 g/dl), with
<a href="mailto:0.6OD@302" target="_blank">0.6OD@302</a> nm ** Radial intensity scan of Pyrene (2.5 microM), with ~1.2<a href="mailto:0.6OD@302" target="_blank">OD@3</a>38 nm) were conducted separately, with only one cell loaded. I don't think that the instrument
 reporting data for the wrong cell. For some reason the photomultiplier does not see the difference in intensities/absorbance for samples which definitely absorb, unless a real big concentration(that is how we can also proof  that the instrument doesn't mismatched
 the position of a scanning cell) is used.<br>
As I mention previously, the absorbance of samples was checked on regular Spectrofotometer and on working XLI_2. We have as well checked the monochromator of our XLI_1 on the working XLI_2 (please, see the initial message). This makes us think, that monochromator
 is ok.<br>
</div>
<br>
Best regards<br>
</div>
Igor<br>
<div>
<div><br>
<br>
</div>
</div>
</div>
<div><br>
<div>On Sun, Feb 22, 2015 at 2:09 AM, John Philo <span dir="ltr">
<<a href="mailto:jphilo@mailway.com" target="_blank">jphilo@mailway.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<div lang="EN-US">
<div>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:blue">Igor, I agree with Tom that possibly the wavelength is very different from what is reported. For that reason it would perhaps be better to test with something
 having very broad absorbance rather than sharp peaks. On the other hand the wavelength intensity scans you sent earlier seem to indicate the wavelength is getting selected (i.e. the grating has not fallen out) and not grossly out of calibration.<u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:blue"><u></u> <u></u></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:blue">Is there any possibility the instrument is somehow reporting data for the wrong cell? You have told the GUI that you are using a 4-hole rotor, not an 8-hole, correct?
 What was in the other cell positions when you recorded these benzene data?<u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:blue"><u></u> <u></u></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:blue">John<u></u><u></u></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Arial",sans-serif;color:blue"><u></u> <u></u></span></p>
<p><b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif">From:</span></b><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Calibri",sans-serif"> RASMB [mailto:<a href="mailto:rasmb-bounces@list.rasmb.org" target="_blank">rasmb-bounces@list.rasmb.org</a>]
<b>On Behalf Of </b>Igor Perevyazko<br>
<b>Sent:</b> Saturday, February 21, 2015 11:24 AM<br>
<b>To:</b> Laue, Thomas</span></p>
<div>
<div><br>
<b>Cc:</b> RASMB List<br>
<b>Subject:</b> Re: [RASMB] XLI absorbance problem<u></u><u></u></div>
</div>
<p></p>
<div>
<div>
<p><u></u> <u></u></p>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p style="margin-bottom:12.0pt">Dear Thomas,<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p>Thank you very much for your reply.<u></u><u></u></p>
</div>
<p>Well, the same intensities points out the problem we are dealing with (nonetheless, at much higher concentration (~ 30 mg/ml for proteins, for example) we do observe some level of optical densities ~0.1-0.2 OD). As I mentioned previously
 we have checked our monochromator on another XLI and it was working absolutely fine (please see the first email in the conversion list, there is also information about the lamp intensity and its comparison with the intensities of dye solution). The mismatched
 position of menisci, you have mentioned, I believe  is simply related to a slightly different filling volumes.
<u></u><u></u></p>
</div>
<p>The long -pass filter was in 0 zero position. <u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p><u></u> <u></u></p>
</div>
<p>Best regards<u></u><u></u></p>
</div>
<p>Igor<u></u><u></u></p>
</div>
<div>
<p><u></u> <u></u></p>
<div>
<p>On Sat, Feb 21, 2015 at 9:18 PM, Laue, Thomas <<a href="mailto:Tom.Laue@unh.edu" target="_blank">Tom.Laue@unh.edu</a>> wrote:<u></u><u></u></p>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in">
<div>
<div>
<p><span style="color:black">Hi-<br>
The sample and reference intensities are nearly identical. There is no way they are 1.2 and 0.6 OD.<br>
Is there any possibility that your monochromator is malfunctioning? If the actual wavelength were significantly different from what is being reported, you would get the sort of scans you are seeing. The menisci are mismatched, demonstrating that there is not
 a leak across the septum, so a wrong wavelength makes some sense.<br>
One last possibility- is the 400 nm long-pass filter in (lever in the horizontal position)? That would block the signal at the shorter wavelengths. The instrument would respond by setting the gain as high as it could, leading to a noisier signal (all dark current).
<br>
Tom<u></u><u></u></span></p>
<div>
<div style="text-align:center" align="center"><span style="color:black">
<hr align="center" size="3" width="100%">
</span></div>
<div>
<p style="margin-bottom:12.0pt"><b><span style="font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black">From:</span></b><span style="font-family:"Tahoma",sans-serif;color:black"> RASMB [<a href="mailto:rasmb-bounces@list.rasmb.org" target="_blank">rasmb-bounces@list.rasmb.org</a>]
 on behalf of Igor Perevyazko [<a href="mailto:i.perevyazko@gmail.com" target="_blank">i.perevyazko@gmail.com</a>]<br>
<b>Sent:</b> Saturday, February 21, 2015 11:49 AM<br>
<b>To:</b> <a href="mailto:Luitgard.Nagel-Steger@uni-duesseldorf.de" target="_blank">
Luitgard.Nagel-Steger@uni-duesseldorf.de</a>; <a href="mailto:jphilo@mailway.com" target="_blank">
jphilo@mailway.com</a><br>
<b>Cc:</b> RASMB List<br>
<b>Subject:</b> Re: [RASMB] XLI absorbance problem</span><span style="color:black"><u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<div>
<p style="margin-bottom:12.0pt"><span style="color:black">Dear John, Luitgard<u></u><u></u></span></p>
</div>
<p><span style="color:black">Attached you can find radial intensity scans with an optical density of ~0.6 OD (KNO3, с = 0.07 dl/g, l = 302 nm) and ~1.2 OD (pyrene dye, 2.5micrM, l = 338 nm). I am using 4-hole rotor.
<u></u><u></u></span></p>
</div>
<p><span style="color:black">Regarding Luitgards points: Concerning benzene, this is correct, but for our system,  previous experiments with such solvent /polymer combination resulted in a satisfactory  optical densities. The large concentration
 of BSA in this case was chosen, as a model/test system to represent the problem - that even at such a high BSA content the optical density is at zero level.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p><span style="color:black">Looking forward to any of your suggestions.<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p><span style="color:black"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
<p><span style="color:black">Best regards<u></u><u></u></span></p>
</div>
<p><span style="color:black">Igor<u></u><u></u></span></p>
</div>
<div>
<p><span style="color:black"><u></u> <u></u></span></p>
<div>
<p><span style="color:black">On Fri, Feb 20, 2015 at 9:12 PM, Luitgard Nagel-Steger <<a href="mailto:Luitgard.Nagel-Steger@uni-duesseldorf.de" target="_blank">Luitgard.Nagel-Steger@uni-duesseldorf.de</a>> wrote:<u></u><u></u></span></p>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in">
<p><span style="color:black">Dear Igor,<br>
<br>
I am wondering whether benzene is a good choice of a solvent if your pyrene dye is expected to absorb in the range between 250 and 350 nm (shown in the attached graph 1), since it absorbs itself rather strongly in the UV range.<br>
<br>
Also 4 mg/ml of BSA are a pretty large amount of protein for the optics in the AUC. Assuming you are using standard cells with 1.2 cm optical path length this should give an absorbance at 280 nm of 4 OD. The upper limit is at about 1 OD.<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
Luitgard<br>
<br>
Am 20.02.2015 um 14:20 schrieb Igor Perevyazko:<u></u><u></u></span></p>
<blockquote style="border:none;border-left:solid #cccccc 1.0pt;padding:0in 0in 0in 6.0pt;margin-left:4.8pt;margin-right:0in">
<div>
<div>
<p style="margin-bottom:12.0pt"><span style="color:black">Dear RASMB members,<br>
<br>
We are having a problem with absorbance optics on XLI centrifuge(XLI_1<br>
on the images attached). Hopefully you can suggest something that will<br>
help. The problem is that optical density of any samples (which<br>
definitely absorb, including for example BSA (c = 4mg/mL) or pyrene dye<br>
(c = 10µM )) recorded by the AUC is within the zero  level.<br>
Nevertheless, at much higher concentrations (approximately 10 -20 times<br>
higher) the optical density reaches some level of absorbance (~0.1-0.2<br>
OD). The same solutions checked by normal UV-Vis spectrophotometer and<br>
on another XLI centrifuge (XLI_2), have adequate values of the<br>
absorbance level. We have as well checked our monochromator   on  XLI_2<br>
and it was working ok. Recorded lamp intensities (air to air) at 230 nm<br>
and 530 nm are at the normal level. If we perform the absorbance scan of<br>
a sample (for example Pyrene dye at c = 10µM)  in the intensity mode, we<br>
received the same level of intensities for both reference and sample<br>
chamber! The corresponding comparison of the intensities is shown on the<br>
image attached. Any of your suggestions about the possible problem<br>
and/or the solution will be highly appreciated.<br>
<br>
<br>
Best regards<br>
<br>
Igor Perevyazko<br>
<br>
<br>
PhD Igor Perevyazko<br>
Physics Department, Polymer Physics<br>
St.Petersburg State University<br>
Ul. Ulyanovskaya 1, Petrodvorets<br>
St.Petersburg, Russia, 198504<br>
Tel.: (812)4284382<br>
Fax.: (812)4287240<br>
<br>
<br>
<u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
<p style="margin-bottom:12.0pt"><span style="color:black">_______________________________________________<br>
RASMB mailing list<br>
<a href="mailto:RASMB@list.rasmb.org" target="_blank">RASMB@list.rasmb.org</a><br>
<a href="http://list.rasmb.org/listinfo.cgi/rasmb-rasmb.org" target="_blank">http://list.rasmb.org/listinfo.cgi/rasmb-rasmb.org</a><u></u><u></u></span></p>
</blockquote>
<div>
<div>
<p><span style="color:black">_______________________________________________<br>
RASMB mailing list<br>
<a href="mailto:RASMB@list.rasmb.org" target="_blank">RASMB@list.rasmb.org</a><br>
<a href="http://list.rasmb.org/listinfo.cgi/rasmb-rasmb.org" target="_blank">http://list.rasmb.org/listinfo.cgi/rasmb-rasmb.org</a><u></u><u></u></span></p>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<p><span style="color:black"><u></u> <u></u></span></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<p><u></u> <u></u></p>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div></div></div>

</blockquote></div><br></div>