<font face="Default Sans Serif,Verdana,Arial,Helvetica,sans-serif" size="2">Hi, Dear Dr Cole,<br>Thank you so much for the so patient and detailed instructions. I have already downloaded the articles you recommended.<br>We did sedimentation velocity before we started equilibrium. And we are pretty sure that the sample is homogeneous. Because we are predicting that the sample should be some dimer, but the velocity did not give us more than one spices. And then we try to use equilibrium to confirm the dimer. <br>Best,<br>Ping <br><br><br>Xinping Xu<br>Department of Physiology and Biophysics<br>Virginia Commonwealth University<br>804-628-4851<br>xpxu@vcu.edu<br>xuxinbio@gmail.com<br><br><font color="#990099">-----"Cole, James" <james.cole@uconn.edu> wrote: -----</font><div><blockquote style="padding-right:0px;padding-left:5px;margin-left:5px;border-left:solid black 2px;margin-right:0px">To: Xin-Ping Xu/FS/VCU <xpxu@vcu.edu><br>From: "Cole, James" <james.cole@uconn.edu><br>Date: 06/04/2012 01:14PM<br>Cc: "rasmb@rasmb.bbri.org" <rasmb@rasmb.bbri.org><br>Subject: Re: [RASMB] manual or guide of data analysis<br><br><pre>Dear Ping First, I'd be cautious about starting with an equilibrium measurement unless you are sure that the sample is homogeneous. Otherwise you can easily be mislead. We recommend always doing velocity measurements at several concentrations to check homogeneity and potential mass-action self-association. Sedimentation equilibrium measurements may then be useful to obtain accurate molecular weights; however, we usually find that the velocity data is sufficient and rarely go on to do equilibrium runs anymore. You might check out some review articles to get a more detailed account of the theory practice and pitfalls of AUC: Cole, J.L., Lary, J.W., Moody, T. and Laue, T.M. (2008) Analytical Ultracentrifugation: Sedimentation Velocity and  Sedimentation Equilibrium. Methods Cell Biol. 84, 143-179 Schuck, P. (2007) Sedimentation Velocity in the Study of Reversible Multiprotein Complexes, Protein Interactions 469–518 (a book chapter) Laue, T. M., and Stafford, W. F. (1999) Modern applications of analytical ultracentrifugation, Annu Rev Biophys Biomol Struct 28, 75–100. If you do decide to do equilibrium runs, we have written a software package, HeteroAnalysis, that does everything that Winnonlin/Winmatch did but is much easier to use and is more powerful. You can get it at: <a href="http://www.biotech.uconn.edu/auf/?i=aufftp">http://www.biotech.uconn.edu/auf/?i=aufftp</a> Once you get some experience you might benefit from one of our workshops. They are typically held in June but we are not doing one this year because of the AU2012 meeting workshops that were held in March. Check for updates on the RASMB website for the next one. Good luck with your experiment, Jim Cole On Jun 4, 2012, at 12:22 PM, Xin-Ping Xu/FS/VCU wrote: Hi, Everybody, I am pretty fresh-hand in doing AUC, especially in AUC data analysis. Now I am doing Sedimentation Equilibrium, and collect some data, but I just know very little about the analysis software "Winmatch" Winnolin", is there someone who can give me some suggestions? Or whether someone has manual how to use this kind software? Thanks, Ping _______________________________________________ RASMB mailing list RASMB@rasmb.bbri.org<<a href="mailto:RASMB@rasmb.bbri.org">mailto:RASMB@rasmb.bbri.org</a>> <a href="http://rasmb.bbri.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rasmb">http://rasmb.bbri.org/cgi-bin/mailman/listinfo/rasmb</a> </pre> </blockquote></div><div></div></font>