Hi everyone,<div><br></div><div>I am studying a tRNA-protein binding interaction using the AVIV AU-FDS system.  I am using a fixed amount of fluorescently labelled tRNA and titrating in the protein.  From the c(s) plots I have determined that it is a slow exchange between the protein and the tRNA.  The tRNA give a peak at approximately 3.5 S.  As I titrate in the protein the 3.5 S peak decreases and a new peak at 4.9 S appears.  This is consistent with one tRNA being bound by one protein.  For each titration I have used a weighted vbar value based on the amount of protein and tRNA.  I have been using the vbar value of 0.530 for the tRNA.</div>

<div><br></div><div>For each of the titrations I have integrated the peaks to determine a weighted signal value and put them into a text file according to the formatting listed on the SEPHAT website.  I open the file up with no issue in SEDPHAT and select the hetero-assocation model.  I enter the molecular weight and S values of each of the components and float the logKa value, which I set to 5.  When I run and fit the data I get a curve that doesn't even come close to fitting the data points.  I'm really at a loss to what I'm doing wrong.</div>

<div><br></div><div>Here is the isothem data:</div><div><div>0.82 0.1 3.6</div><div>2.74 0.1 3.48</div><div>7.4  0.1 3.50</div><div>22.7 0.1 4.0</div><div>66.6 0.1 4.94</div><div>200 0.1 4.90</div></div><div><br></div><div>

The first value being the concentration of the protein, the second the concentration of the tRNA, and the third is the Sw value.</div><div><br></div><div>Other than SEDPHAT is there another program I could use to fit this Isotherm?</div>

<div><br></div><div>Thanks,</div><div>David Chiovitti</div><div><br></div><div>Samuel Lunefeld Research Institute </div><div>Mount Sinai Hospital Toronto</div>