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<TITLE>Use of O-18 heavy water for SE of protein-adduct complexes</TITLE>

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Greetings, everyone<BR>

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This may seem like a shameless plug for a recent paper, but never mind. There is one aspect of the said paper (reference below) that could be of interest to those not involved in protein-protein interaction and/or STEM Cells and their regulation.<BR>

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I guess most out there are familiar with the use of high density solvent to 'match out' the detergent part of a micellar complex in which a protein moiety is included within a micelle (the original Tanford-Reynolds method, fully reviewed with subsequent advances recently by Karen Fleming, ref below). This renders the detergent or other adduct part of the complex 'invisible' in terms of any contribution to the solute sedimentation potential in an SE experiment.<BR>

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Traditionally deuterium oxide ('heavy water') has been used to increase the density level so that matching is achieved, either fully or by extrapolation. However deuterium oxide has two drawbacks: (1) the protein becomes deuterated to an extent which is not exactly known, thereby undergoing changes in its partial specific volume; and (2) it is far from biologically inert, indeed it is toxic to humans, and some protein systems can be de-stabilised by its presence.<BR>

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An obvious alternative candidate to deuterium oxide would be 'heavy oxygen' - i.e O-18 water. This produces much the same level of density increment, without any 'side effects', since the labelled oxygen does not interchange with O atoms within a protein to any significant extent. I know that this has long been appreciated - I was told recently that Howard Schachman tried it out once in the 60's - but the use of O-18 water had one obvious drawback: enormous cost! <BR>

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However, in present times the cost has come down a long way, no doubt because of its importance in relation to PET Scanners. A gram of O-18 water will suffice for one SE experiment, maybe two if one uses deuterium oxide for the reference channel. At present prices that is around Ł30 (~$US50) per run, which is much less than the full economic cost of doing an SE experiment. And it works nicely - see Mullin <U>et al</U> (2008).<BR>

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The paper is: Mullin <U>et al</U> (2008) The plutipotency rheostat Nanog functions as a dimer. Biochem J <B>4</B> 227-231<BR>

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Karen Fleming's review is Chapter 19 in Analytical Utracentrifugation - Techniques & Methods (2005) eds D J Scott, S E Harding & A J Rowe.<BR>

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Regards to all<BR>

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Arthur<BR>

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Arthur J Rowe<BR>

Professor of Biomolecular Technology<BR>

NCMH Business Centre<BR>

University of Nottingham<BR>

School of Biosciences<BR>

Sutton Bonington<BR>

Leicestershire LE12 5RD   UK<BR>

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Tel:        +44 (0)115 951 6156<BR>

            +44 (0)116 271 4502<BR>

Fax:        +44 (0)115 951 6157<BR>

email:      arthur.rowe@nottingham.ac.uk<BR>

Web:        www.nottingham.ac.uk/ncmh/business<BR>

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