I am working with 25 kDa linear polymer Polyethylenimine.  What I am trying to do is use sedimentation velocity to characterize the product obtained upon conjugating a protein to the polyethylenimine.  There are, so far as I can tell, no published values for the partial specific volume of this polymer.  I have done the following experiments and would like feed back as to what can done to strengthen my analysis.<div>
<br></div><div>1) SV experiments of the polymer alone in 250 mM NaCl pH 7.0 (the polymer is a very strong buffer thus no other components)</div><div><br></div><div>3 concentrations were analyzed spanning 0.64-0.1 mg/ml using interference optics at 52000 RPM.</div>
<div><br></div><div>In an attempt, perhaps feeble, to determine the vbar I began by fitting each concentration data set using c(S) in sedfit and with known calculated buffer density and viscosity corrected to the experimental temperature (22.5 c), and adjusted the partial specific volume to obtain a reasonable MW estimate after examining the peak MW distribution in the c(S) plot.  </div>
<div><br></div><div>Landing on a value of 0.85 for vbar, the fits are exceptionally good as measured by examination of the residual plot (< 0.03 variance) as well as by examination of the graphical residual bit map, uniform grey (actually the best uniform grey fit I have ever seen).  These fits yield a single peak at experimentally determined S values of 0.6 at all concentrations.  Every concentration yields a best fit experimental S value of 0.6 using frictional ratios of 2.34, which is reasonable given that this polymer is supposed to act as a ridgid rod in solution. Prior to the centrifuge the polymer has been gel filtered over high resolution superdex 200 columns and characterized with respect to the average number of titratable nitrogens.  The gel filtration is used simply to narrow the polydispersity while the titrations provide a lower limit to the chain length and this data is consistent with a polymer of approximately 25 kDa.   </div>
<div><br></div><div>I realize this is not the easiest way to approach this value but do not have access to the instrumentation required to determine it.  It seems reasonable in that my ultimate goal is to use this estimated vbar value to calculate a weight average vbar for a protein-polymer conjugate that I am making.  The protein vbar can of course be calculated.  I would ultimately like to demonstrate that the actual MW of the conjugate as well as stoichiometry is correct, and determine if the conjugate behaves as a monomer in solution.  Initial analysis of the conjugate using the weight average vbar seem to confirm the monomeric nature as well as support a MW addition of 25,000 more or less.  The protein vbar is calculated to be 0.7475 and fits to the conjuate are relatively poor at this value but improve when it is increased to 0.78 which is the weight avg vbar.  </div>
<div><br></div><div>You would be helping me quite a lot if you could provide either a criticism of this approach (there are likely many) and a suggestion for a means to either validate this or approach it in a different way.  Analysis of the conjugate is somewhat complicated by the presence of free polymer and thus two species with quite different frictional ratios so the best fits are obtained using the c(S)ffo  model in sedfit, the fit range ffo values for each peak in the c(s) distribution correlate with the anticipated component represented in each peak, i.e. free polymer S experimental at 1.3 has ffo of >2 whereas the anticipated conjugate experimental S value of 2.6 has ffo values spanning 1.6-1.8.  The corresponding MW plots show anticipated values of approx 28 kDa for polymer and 60-80 Kda for the presumed conjugate.    Analysis of the free protein yields excellent fits with a single peak and an ffo values of 1.4-1.6 and a MW of 43000 (actual 41406)</div>
<div><br></div><div>Sorry for such a long question for my first posting to this board. I hope to have provided enough information so that a useful discussion can arrise.  I thought I understood that I could use the buoyant MW relationship to estimate vbar but seem not to understand how that would work in this situation... Thanks a lot </div>
<div><br></div><div>Matthew </div>