
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">

  <title></title>

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

<font size="+1"><tt>A follow up on "systematic differences"<br>

There were two questions:<br>

1.  If there are three cells in the AUC during a sedimentation velocity

run, one cell yields an s value that I arbitrarily set at 100, cell 2

yields a value of 99.4 and cell 3 a value of 99.7. What are possible

causes of the differences?<br>

2.  The meniscus of cell one if always found at shorter radius than the

meniscus of cell 2.  Cell 3 is intermediate between the other two. 

What are possible causes?<br>

<br>

Thanks to John, Andrew and Tom for their most recent comments.<br>

One of John's struck me as being especially insightful: <br>

<br>

If you (me, in this case) have found that the three cells do not yield

the same s values in a velocity run, and if you apply correction

factors to two of them so as to get them to agree with the third, how

do you know which is the correct one to use as a the reference value?  <br>

The answer: You do not know which is the correct value.  If I

understand correctly, to have knowledge of the s value to a precision

of  0.1%, you would have to have experimentally determined diffusion

coefficients (to better than 0.1% precision) as well as rho and vbar

values to much better than 0.1%; mass spectroscopy now gives us

molecular masses to high precision. Correction factors of less than 1%

are useful in that they allow me to judge the sedimentation in one cell

relative to the others.  Correction factors permit one to level the

playing field but one doesn't know whether the game being played is

football in San Francisco or cricket in Nairobi.<br>

Like biologists all over, I had hoped for absolute knowledge when I

started working with the AUC but ........<br>

<br>

There seems to be general agreement that the differences between cells

are probably the result of differences in the center pieces:  <br>

I can easily check for leaks.  <br>

<br>

NB. If I run one chamber empty, one full at 40 KRPM, am I likely to

deform the center piece?<br>

<br>

As for the other ideas as why the cells might differ as much as they

do, they are all useful.  If the differences between cells were larger

than it is, it would be worthwhile delving more deeply. The major

unanswered question is why the s values differ.  Here you three all

seem to agree that it might result from convection or from a leak. 

I'll check the archives for how to detect convection problems and will

get back to you about leaks when I have the data.  (Hopefully < 1

year)<br>

thanks again<br>

jack</tt></font>

</body>

</html>