<html>

<body>

Hi Chin,<br><br>

I doubt that 0.5M NaCl would require it, and I dont' know about the 0.5M

Na2SO4. Unless somebody else has more specific knowledge about this, to

be sure I suggest the following experiment:<br><br>

Fill a cell with your buffer in the sample side, and water in the

reference side. Run it at the rotor speed of your later experiment with

protein (assuming it is very high), use the interference optics to

visualize and acquire data on the buffer redistribution. Use the single

species model in sedfit to determine an average s and D value for the

buffer component. (You might need that later for the density gradient

model.) We're assuming all buffer components sediment similarly, which

may not be exactly true, but that's the approximation we have to make. I

think it's actually reasonably good for this purpose.<br><br>

In any case, in sedfit, you'll get the estimated total signal of the

sedimenting material (which will be the buffer component). After having

subtracted all systematic noise components, I would compare that with the

gradient you see (fringes at the bottom minus fringes at the meniscus).

For 0.15M NaCl I seem to remember something like a gradient of 10 fringes

out of 100 or so. For example, with these values, it would mean that we'd

have a 10% concentration difference, or less than from about 140 to 160

mM, across the cell. Now use sednterp and calculate what density

difference that would correspond to, and what the maximal difference in s

would be near to the meniscus and bottom.<br><br>

If your concern is not the precision of s-values, but perhaps faithful

recovery of trace components, I would do a simulation to mimic

sedimentation of some macromolecular mixture using the experimentally

measured (average) s and D values, along with the density and viscosity

increments of your buffer (which one could take from sednterp, or perhaps

determine experimentally by viscosimetry and densitometry of buffer at

different dilutions).<br><br>

Regards,<br>

Peter<br><br>

<br><br>

At 08:53 PM 12/6/2005, you wrote:<br>

<blockquote type=cite class=cite cite=""><font face="arial" size=2>Dear

all,<br>

What salt concentrations are considered high enough that the density

gradient has to be used in sedfit (dynamic gradient)? For example, 0.4M

Na2SO4 or 0.5 NaCl? Thanks.<br>

 <br>

Qin “Chin” Zou<br>

Eli Lilly and Co.<br>

</font>_______________________________________________<br>

RASMB mailing list<br>

RASMB@rasmb.bbri.org<br>

<a href="http://rasmb.bbri.org/mailman/listinfo/rasmb" eudora="autourl">

http://rasmb.bbri.org/mailman/listinfo/rasmb</a></blockquote></body>

</html>